ゲノミクス・プロテオミクスの新展開　関連Web-site集-第２編
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第2編　プロテオミクス
第1章　タンパク質の検出・同定と一次構造決定　[第１章|第２章|第３章|第４章]
No.節題サイト名URLページ
1節試料前処理法　
2ペプチドの抽出・粗精製458
　　ペプチドの抽出https://www.peptidome.org/　
2節微量クロマトグラフィー467
　　RefSeqhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/　
　　PIRhttps://www-nbrf.georgetown.edu/　
　　SwissProthttps://www.ebi.ac.uk/swissprot/access.html　
　　ワームベースhttps://www.wormbase.org/　
　　サンガーセンターhttps://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/　
3節二次元ゲル電気泳動　474
　　ワイリー（専門誌 ”Electrophoresis”, “Proteomics”）　　https://www.wiley-vch.de/publish/dt/　
　　ExPasy（2次元ゲル電気泳動データベースとリンク集）https://us.expasy.org/ch2d/　
　　BioRad（IPG、CA、泳動槽、解析ソフト、スポットカッターほか）https://www.bio-rad.com/　
　　アマシャムバイオサイエンス（IPG、CA、泳動槽、蛍光スキャナほか）https://www.jp.amershambiosciences.com/　
　　アナテック（泳動槽）https://www.anatech.co.jp/　
　　ディー・アール・シー（泳動槽、プレキャストゲル）https://www.drc2002.com/　
　　アトー（泳動槽、電源）https://www.atto.co.jp/　
　　Molecular Probes（蛍光染色試薬）https://www.probes.com/　
　　富士フィルム（蛍光スキャナ）https://www.fujifilm.co.jp/　
　　Phoretix（2D-PAGE画像解析ソフト）https://www.phoretix.com/　
　　島津製作所（ゲル内自動酵素消化装置など）https://www.shimadzu-biotech.jp/　
4節質量分析　
2分析計484
　　Base Peakhttps://www.spectroscopynow.com/Spy/basehtml/SpyH/1,1181,4-0-0-0-0-home-0-0,00.html　
　　日本質量分析学会https://www.mssj.jp/　
　　American Society for Mass Spectrometry (ASMS)https://www.asms.org/　
　　International Mass Spectrometry Society (IMSS)https://www.imss.nl/　
6節翻訳後修飾解析　
2プロテアソームの翻訳後修飾の解析504
　　NetPhos 2.0 Prediction Serverhttps://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/　
　　NMThttps://mendel.imp.univie.ac.at/myristate/SUPLpredictor.htm　
　　YinOYang1.2 Prediction Serverhttps://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/　
　　The Sulfinatorhttps://kr.expasy.org/tools/sulfinator/　
7節発現プロファイル解析の基礎技術と方法（比較解析法、データベース構築）　
1二次元電気泳動によるタンパク質ディファレンシャル解析とプロテオームデータベースンパク質　527
　　東京都老人総合研究所の TMIG-2DPAGE データベースhttps://proteome.tmig.or.jp/2D/　
　　Swiss Institute of Bioinformaticsの SWISS-2DPAGE データベースhttps://us.expasy.org/ch2d/　
　　University of Siena のSIENA-2DPAGE データベースhttps://www.bio-mol.unisi.it/2d/2d.html　
　　Max Planck Institute for Infection Biology のProteome 2D-PAGE データベースhttps://www.mpiib-berlin.mpg.de/2D-PAGE/　
　　Purkyne Military Medical Academy のPMMA-2DPAGE データベースhttps://www.pmma.pmfhk.cz/　
　　Danish Centre for Human Genome Research の 2D PAGE データベースhttps://proteomics.cancer.dk/　
　　German Heart Institute の RAT HEART-2DPAGE データベースhttps://www.mpiib-berlin.mpg.de/2D-PAGE/RAT-HEART/2d/　
　　German Heart Institute の HUMAN HEART-2DPAGE データベースhttps://userpage.chemie.fu-berlin.de/~pleiss/dhzb.html　
　　Harefield Hospital Heart Science Centre の HSC-2DPAGE データベースhttps://www.harefield.nthames.nhs.uk/nhli/protein/　
　　Max Delbruck Center の HP-2DPAGE データベースhttps://www.mdc-berlin.de/~emu/heart/　
　　Oregon Health & Science University の LENS-2DPAGE データベースhttps://www.ohsu.edu/2d/2d.html　
　　ExPASy Proteomics tools サーバーhttps://us.expasy.org/tools/　
　　Matrx Science の Mascot Search サーバーhttps://www.matrixscience.com/search_form_select.html　
　　UCSF の ProteinProspector サーバーhttps://prospector.ucsf.edu/　
2ペプチドの分離：高速液体クロマトグラフィーと2次元クロマトグラフィー532
　　ペプチドの分離https://www.peptidome.org　

第2章　タンパク質の高次構造決定　[第１章|第２章|第３章|第４章]
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1節タンパク質の大量発現，精製　
1タンパク質の発現538
　　pET System Manualhttps://www.novagen.com/SharedImages/TechnicalLiterature/7_TB055.pdf　
　　QIAexpressionisthttps://www1.qiagen.com/literature/handbooks/PDF
/Protein/Expression/QXP_QIAexpressionist/1024473_QXPHB_0603.pdf		　
　　Gateway Technology for cloning and expressionhttps://www.invitrogen.com/content/sfs/brochures/710_01784_Gateway_bro.pdf　
　　BD Creator Gene Cloning & Expression Systemhttps://www.bdbiosciences.com/clontech/techinfo/manuals/PDF/PT3576-1.pdf　
　　ExPASy Proteomics Toolshttps://kr.expasy.org/tools/　
　　MePNet (Membrane Protein Network) https://www.mepnet.org/public.php　
2大腸菌によるタンパク質の発現・精製545
　　東京農工大学のサイトSOSUIhttps://sosui.proteome.bio.tuat.ac.jp/~sosui/proteome/sosuiframe0.html　
　　PSORThttps://psort.nibb.ac.jp　
4酵母によるタンパク質の発現・精製560
　　S. cerevisiaeゲノム情報https://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/　
　　　https://www.yeastgenome.org/　
　　Pichia pastorisに関する情報https://www.invitrogen.com/　
5バキュロウィルス／昆虫細胞によるタンパク質の発現・精製とその解析566
　　Invitrogen https://www.invitrogen.co.jp/ 　
　　Pharmingenhttps://www.fujisawa.co.jp/reagent/ 　
　　Clontech https://www.clontech.co.jp/ 　
　　Novagene https://www.merck.co.jp/ 　
7無細胞タンパク質合成システム577
　　無細胞生命科学工学研究センター　https://www.ehime-u.ac.jp/~cellfree/　
8膜タンパク質の発現586
　　タンパク質の三次元構造のデータバンクhttps://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pdb/index.html　
9迅速・大量タンパク質発現装置591
　　プロテオエキスパートhttps://www.proteoexpert.com/　
　　迅速・大量タンパク質発現技術https://www.roche-applied-science.com/sis/proteinexpression/index.jsp　
2節Ｘ線結晶構造解析　
1タンパク質のＸ線結晶構造解析595
　　タンパク質データバンク（Protein Data Bank, PDB）https://www.rcsb.org/pdb/　
2タンパク質の結晶化600
　　結晶化スクリーニングキット，結晶化プレートなどhttps://www.hamptonresearch.com/　
　　結晶化スクリーニングキット　(Wizard,Cryoシリーズ)https://www.b-bridge.com/　
　　結晶化スクリーニングキット　(Molecular Dimensions社製)https://www.moleculardimensions.com/　
3タンパク質の結晶化の自動化605
　　ナノ分注機　Cartesian MS4000https://www.cartesiantech.com/　
　　　https://castor.sci.hokudai.ac.jp/~watanabe/Manuals/crystal/crystal.html　
　　電動ピペッター　RAININhttps://www.rainin.net/　
　　結晶化プレート　Greinerhttps://www.greiner-bio-one.co.jp/　
4SPring-8におけるタンパク質結晶構造解析611
　　放射光　原理https://prwww.spring8.or.jp/intro_sr/　
　　放射光　SPring-8全般https://www.spring8.or.jp/JAPANESE/　
　　放射光　SPring-8ビームラインhttps://www.spring8.or.jp/JAPANESE/facility/bl/index.html　
　　放射光　SPring-8利用案内https://www.spring8.or.jp/JAPANESE/for_users.html　
　　構造ゲノム　タンパク3000プロジェクトhttps://www.mext.go.jp/b_menu/houdou/14/02/020213h.htm　
5タンパク質結晶解析ビームライン（Photon Factory）617
　　高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・放射光リングの運転スケジュールhttps://pfwww.kek.jp/unten/titlej.html　
　　高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所の共同利用実験課題申請についてhttps://pfwww.kek.jp/users_info/pac_application/index.html　
　　高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・タンパク結晶解析ビームライン情報https://pfweis.kek.jp/protein/index.html　
　　国際科学振興財団構造生物学坂部プロジェクトビームラインの情報https://www.sbsp.jp/sbsp/index.html　
　　高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・フォトンファクトリー・構造生物学研究センター情報https://pfweis.kek.jp/index_ja.html　
6タンパク質結晶Ｘ線回折実験における自動化622
　　Photon Factory/構造生物学研究センターhttps://pfweis.kek.jp/index_ja.html　
　　米国NSLS　Rapid Beamtimehttps://www.px.nsls.bnl.gov/　
7タンパク質の位相決定法629
　　位相決定のソフトウェア：　　
　　CCP4https://www.ccp4.ac.uk/　
　　CNShttps://cns.csb.yale.edu/　
　　XtalViewhttps://www.sdsc.edu/CCMS/Packages/XTALVIEW/ 　
　　Solve/Resolvehttps://solve.lanl.gov/　
　　SHELXhttps://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/　
　　SnBhttps://www.hwi.buffalo.edu/SnB/　
　　SHARP/autoSHARPhttps://www.globalphasing.com/sharp/　
　　EPMRhttps://ftp.agouron.com/pub/epmr/　
　　重原子同形置換体の作製：　　
　　Heavy Atom Databankhttps://www.bmm.icnet.uk/had/heavyatom.html　
　　Heavy Atoms Used for Protein Crystallographic Structure Phasinghttps://www.chem.gla.ac.uk/protein/mirror/%257Estura/heavy.html　
　　Preparing a useful derivative - UCLA-DOE https://www.doe-mbi.ucla.edu/~sawaya/tutorials/Phasing/references.html　
　　Heavy atom derivatives by Bart Hazehttps://eagle.mmid.med.ualberta.ca/tutorials/HA/　
　　Xenon & Krypton derivativeshttps://www.lure.u-psud.fr/sections/XENON/xenon_eng.htm　
8結晶構造解析における電子密度修正（density modification）の利用633
　　生物関係情報のデータベースのリンク集https://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html　
　　CCP4 main page https://www.ccp4.ac.uk/main.html　
　　Solve/Resolve home pagehttps://www.solve.lanl.gov/　
　　高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクトhttps://www.thermus.org/j_index.htm　
3節ＮＭＲによる構造解析　
1ＮＭＲによるタンパク質の立体構造解析656
　　構造計算　X-PLORhttps://xplor.csb.yale.edu/xplor-info/xploronline.html　
　　構造計算　CNShttps://cns.csb.yale.edu/v1.0/　
　　タンパク質立体構造データベース　Protein Data Bank(PDB)https://www.rcsb.org/pdb/　
2ＮＭＲによる構造解析のハイスループット化661
　　著者所属機関　横浜市立大学大学院総合理学研究科生体超分子システム科学専攻https://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/biophys/index.html　
　　著者ホームページ（廣明　秀一）https://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/biophys/profile/hiroakih.html　
　　本文中で紹介したソフトウェアのうちホームページがあるもの[CABM NMR Software : AUTOASSIGN]https://www-nmr.cabm.rutgers.edu/NMRsoftware/nmr_software.html　
　　[NIH NMR Software : NMRPipe (NMRPrime)]https://spin.niddk.nih.gov/bax/software/NMRPipe/index.html　
　　[ARIA]https://www.pasteur.fr/recherche/unites/Binfs/aria/　
　　[ETH NMR Software : AUTOPSY / DYANA / CANDID / CYANA]https://www.mol.biol.ethz.ch/wuthrich/software/index.html　
3ＮＭＲによるタンパク質の高精度・高効率立体構造決定手法(SAIL法)の開発667
　　Protein Data Bank（立体構造のデータベース）https://www.rcsb.org/pdb/　
　　BioMagResBank（NMRパラメーターのデータベース）https://www.bmrb.wisc.edu/　
　　NMR information Server（NMRのリンク集）https://spincore.com/nmrinfo/　
　　spectroscopyNow.com（様々な分光器のリンク集、NMRパート有り）https://www.spectroscopynow.com/　
4NMRによる立体構造解析の最新技術　ﾐ 異方性スピン相互作用利用NMR676
　　リン脂質　Avanti Polar Lipids, Inc.https://www.avantilipids.com/PreparationOfLiposomes.html　
　　Pf1ファージ　Asla Ltd.https://www.asla-biotech.com/basic.htm　
4節電子顕微鏡による構造解析681
　　単粒子解析 SPIDERhttps://www.wadsworth.org/spider_doc/spider/docs/spider.html　
　　単粒子解析　IMAGIChttps://www.imagescience.de/imagic/　
　　単粒子解析　EMANhttps://ncmi.bcm.tmc.edu/~stevel/EMAN/doc/　

第３章　タンパク質の機能解析　[第１章|第２章|第３章|第４章]
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3節タンパク質の安定性とフォールディング705
　　DSC：　Reference Lists：https://www.microcalorimetry.com/　
　　タンパク質熱力学データベース：ProTherm:https://www.rtc.riken.go.jp/jouhou/Protherm/protherm.html　
5節タンパク質の相互作用　（方法論として）　
1表面プラズモン共鳴、カロリメトリー714
　　表面プラズモン共鳴　（ビアコア社）https://www.biacore.co.jp　
　　カロリメトリー　（MicroCal社）https://www.microcalorimetry.com　
2two-hybrid法（酵母）719
　　Database of Interacting Proteinshttps://dip.doe-mbi.ucla.edu/　
　　PathCalling Yeast Interactin Databasehttps://portal.curagen.com/extpc/com.curagen.portal.servlet.Yeast　
　　Yeast Interacting Protein Databasehttps://genome.c.kanazawa-u.ac.jp/Y2H/　
4タンパク質複合体の解析法：ヒトリボソーム生合成前駆体の解析を例として729
　　MS-Fithttps://jpsl.ludwig.edu.au/ucsfhtml3.4/msfit.htm　
　　酵母リボソーム生合成トランス作用因子https://www.expasy.org/linder/proteins.html　

第4章　プロテオミクスの最新事情　[第１章|第２章|第３章|第４章]
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1節タンパク質の相互作用解析739
　　タンパク質相互作用データベースhttps://bind.ca/　
2節イネゲノム機能解明のためのプロテオーム解析747
　　RICE PROTEOME DATABASEhttps://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/　
3節ラン藻753
　　Cyano2Dbasehttps://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano2D/　
　　Cyanobasehttps://www.kazusa.or.jp/cyano/　
　　Protein Prospectorhttps://prospector.ucsf.edu/　
　　MS-Fithttps://prospector.ucsf.edu/ucsfhtml4.0/msfit.htm　
4節シロイヌナズナ760
　　Arabidopsis mitochondrial proteome projecthttps://www.gartenbau.uni-hannover.de/genetik/AMPP　
　　Arabidopsis seed proteomehttps://seed.proteome.free.fr/laboratory.htm　
　　Swiss2D-PAGEhttps://us.expasy.org/ch2d/　
　　Arabidopsis membrane protein libraryhttps://www.cbs.umn.edu/arabidopsis/　
5節バイオセンサを用いたタンパク質相互作用解析765
　　表面プラズモン共鳴センサhttps://www.biacore.co.jp　
6節プロテオミクスの新しいツールとしてのRFHR二次元電気泳動法--大腸菌への適用772
　　　https://www.osaka-med.ac.jp/deps/phy/index.htm　

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