ゲノミクス・プロテオミクスの新展開　関連Web-site集-第３編
[ 書籍概要へ戻る/ Web-site集/ 第１編|第２編|第３編|第４編 ]

第3編　バイオインフォマティクス
第１章　データベース　[第１章|第２章|第３章]
No.節題サイト名URLコメントページ
1節ゲノムのデータベース　
1ゲノムデータベース概論792
　　GenBankhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenbankDNA配列，NCBI　
　　EMBLhttps://www.ebi.ac.uk/DNA配列，EBI　
　　DDBJhttps://www.ddbj.nig.ac.jp/DNA配列，遺伝研　
　　Genome resourceshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genomes/NCBIのゲノムデータベース　
　　UCSC　genome browserhttps://genome.ucsc.edu/UCSC提供のゲノムデータベース　
　　Ensemblhttps://www.ensembl.org/Sanger Institute提供　
　　RefSeqhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeqチェックを受けた代表配列　
　　LocusLinkhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/さまざまなデータへのハブになる情報　
　　OMIMhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?=OMIMヒトに関する遺伝子，疾患　
　　UniGenehttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGeneest配列をクラスタリング　
　　Swiss-Prot/TrEMBLhttps://www.ebi.ac.uk/swissprot/ペプチド配列と機能情報　
　　PDBhttps://www.rcsb.org/pdb/タンパク質の立体構造　
　　UniProthttps://www.pir.uniprot.org/タンパク質の統合データベース　
　　GOhttps://www.geneontology.org/gene ontologyの階層構造　
　　InterProhttps://www.ebi.ac.uk/interpro/mitif, domainの統合データベース　
　　TMHMMhttps://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/膜貫通部位予測　
　　SignalPhttps://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/シグナルペプチド予測　
　　TargetPhttps://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/細胞内局在予測　
　　PSORThttps://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/細胞内局在予測　
　　RegulonDBhttps://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/regulondb/大腸菌の転写関連　
　　DBTBShttps://dbtbs.hgc.jp/枯草菌の転写関連　
　　EPDhttps://www.epd.isb-sib.ch/真核生物のpromoter　
　　DBTSShttps://dbtss.hgc.jp/真核生物の転写開始点　
　　TRANSFAChttps://www.gene-regulation.com/転写因子とcis-elementのデータベース　

No.節題サイト名URLページ
2塩基配列データベースとＤＤＢＪ799
　　DDBJhttps://www.ddbj.nig.ac.jp/　
　　getentryhttps://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getstart-e.html　
　　SRShttps://srs.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html　
　　TXsearchhttps://sakura.ddbj.nig.ac.jp/uniTax.html　
　　GIBhttps://gib.genes.nig.ac.jp/　
　　GTOPhttps://spock.genes.nig.ac.jp/%7Egenome/gtop.html　
　　Web serviceshttps://www.xml.nig.ac.jp/　
　　MGEDhttps://www.mged.org/　
2節タンパク質立体構造のデータベース：PDBデータベース807
　　PDBj　PDBデータベースhttps://www.pdbj.org/　
　　Research Collaboration for Structural Bioinformatics (RCSB)https://www.rcsb.org/pdb/　
　　MSD (Macromolecular Structure Database)https://msd.ebi.ac.uk/　
　　BioMagResBank (BMRB)https://www.bmrb.wisc.edu/　
　　wwPDB　world wide PDBhttps://www.wwpdb.org/　
　　試験的なPDBデータのXMLデータベース（XML-DB_PDBj）https://pdbjs4.pdbj.org:8080/　
　　Normal Mode Analysis: NMA)のデータベースProModehttps://cube.socs.waseda.ac.jp/　
　　ASH: 立体構造比較ツールhttps://timpani.genome.ad.jp/~ash/　
3節遺伝子発現データベース　813
　　発現データベース　ArrayExpresshttps://www.ebi.ac.uk/arrayexpress　
　　発現データベース　BodyMaphttps://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/　
　　発現データベース　GXDhttps://www.informatics.jax.org/menus/expression_menu.shtml　
　　発現データベース　Fly Viewhttps://pbio07.uni-muenster.de/　
　　発現データベース　HugeIndexhttps://hugeindex.org　
　　発現データベース　Stanford Microarray Databasehttps://genome-www.stanford.edu/microarray　
　　遺伝子・ゲノムデータベース　KEGGhttps://www.genome.ad.jp/kegg/　
　　Mouse Atlas and Gene Expression Databasehttps://genex.hgu.mrc.ac.uk/　
　　遺伝子発現データリポジトリーGEOhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/　
　　マイクロアレイ発現データベース　MGEDhttps://www.mged.org/　
　　MGEDワーキンググループhttps://www.mged.org/Workgroups/index.html　
4節疾患データベース827
　　OMIM（On-line MIM）https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/　
　　HGMD（Human Gene Mutation Database）https://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html　
　　CGAP（Cancer Genome Anatomy Project）https://cgap.nci.nih.gov/　
　　MutationViewhttps://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/　
　　GeneDis（Human Genetic Disease Database）https://bioinfo.tau.ac.il/GeneDis/　
　　GeneCardshttps://nciarray.nci.nih.gov/cards/　
　　TSC（The SNP Consortium）https://snp.cshl.org/　
　　dbSNPhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/　
　　JSNPデータベースhttps://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/　
　　HGVbase（Human Genome Variation database）https://hgvbase.cgb.ki.se/　
5節マイクロアレイ遺伝子発現データベース836
　　ゲノム、DNAデータベースhttps://www.ddbj.nig.ac.jp　
　　　https://www.ncbi.nlm.nih.gov　
　　　https://www.ebi.ac.uk　
　　　https://www.sanger.ac.uk/　
　　　https://www.tigr.org/　
　　　https://www.genome.washington.edu/uwgc/　
　　　https://gib.genes.nig.ac.jp/　
　　タンパク質データベースhttps://kr.expasy.org/sprot/sprot-top.html　
　　　https://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pdb/　
　　　https://www.ensemble.org　
　　検索・解析ツールhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/　
　　　https://srs.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html　
　　　https://www.ddbj.nig.ac.jp/E-mail/clustalw-e.html　
　　　https://spock.genes.nig.ac.jp/%7Egenome/gtop.html　
6節代謝データベース839
　　Boehringer Mannheim:Biochemical pathwayhttps://www.expasy.ch/cgi-bin/search-biochem-index　
　　Metabolic Pathwayhttps://www.expasy.ch/cgi-bin/show_thumbnails.pl　
　　KEGG/PATHWAYhttps://www.genome.ad.jp/kegg/pathway.html　
　　WIT2https://wit.mcs.anl.gov/WIT2/　
　　EMPhttps://www.empproject.com/　
　　BioCyc　SRIインターナショナル（米）https://biocyc.org/　
　　MetaCyc　SRIインターナショナル（米）https://metacyc.org/　
　　Path DB NCGR国立ゲノムリソースセンター（米）https://www.ncgr.org/pathdb/　
　　ARM　ARM Project （産総研CBRC）https://www.metabolome.jp/　
　　biocarta-Pathwayshttps://www.biocarta.com/genes/index.asp　
　　EcoCyc　SRIインターナショナルhttps://ecocyc.org/840
　　Soy Base　米農務省・アイオワ州立大学https://129.186.26.94/　
　　Malaria Parasite Metabolic Pathways　エルサレム・ヘブライ大学https://sites.huji.ac.il/malaria/　
　　UM-BBD(The University of Minnesota Biocatalysis/Biodegradation Database)　ミネソタ大学https://umbbd.ahc.umn.edu/　
　　Metalgen　ヴェルサイユ大学ftp://ftp.pasteur.fr/pub/GenomeDB/Metalgen/　
　　Enzym Nomenclature　国際生化学・分子生物学連合（IUBMB）命名委員会https://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/841
　　ENZYMEhttps://www.expasy.ch/enzyme/　
　　LIGANDhttps://www.genome.ad.jp/ligand/　
　　Brendahttps://www.brenda.uni-koeln.de/　
　　Klothoワシントン大学https://www.biocheminfo.org/klotho/　
　　KEGG　トップhttps://www.genome.ad.jp/kegg/843
　　KEGG　インデックスhttps://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html　

第2章　解析ツール　[第１章|第２章|第３章]
No.節題サイト名URLページ
1節バイオインフォマティクス概論861
　　配列類似性検索 FASTAhttps://fasta.bioch.virginia.edu/fasta/fasta_list.html　
　　配列類似性検索 BLASThttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/　
　　マルチプルアラインメント　ClustalWftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/　
　　ベースコール・アセンブル phred/phrap/consedhttps://www.codoncode.com/　
　　アセンブル TIGR Assemblerhttps://www.tigr.org/software/　
　　アセンブル Arachnehttps://www.broad.mit.edu/wga/　
　　ゲノムマッピング sim4https://globin.cse.psu.edu/ftp/dist/sim4/　
　　ゲノムマッピング BLAThttps://www.soe.ucsc.edu/~kent/exe/　
　　ゲノムマッピング Wise2https://www.ebi.ac.uk/Wise2/　
　　ゲノムマッピング SSAHAhttps://www.sanger.ac.uk/Software/analysis/SSAHA/　
　　微生物遺伝子領域予測 GeneMark, GeneMark.hmmhttps://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/　
　　真核生物遺伝子領域予測 Genscanhttps://genes.mit.edu/GENSCAN.html　
　　真核生物の転写因子・転写制御配列データベース　TRANSFAC https://www.gene-regulation.com/　
　　プロモーター領域予測 PromoterInspectorhttps://www.genomatix.de/software_services/software/
PromoterInspector/PromoterInspector_stb.html		　
　　プロモーター領域予測 Dragon Promoter Finderhttps://sdmc.krdl.org.sg/promoter/promoter1_3/DPFV13.htm　
　　共通モチーフ抽出 MACAWftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/macaw　
　　共通モチーフ抽出 MEMEhttps://meme.sdsc.edu/meme/website/　
　　配列解析パッケージ GCG Wisconsin Package https://www.accelrys.com/　
　　配列解析パッケージ EMBOSShttps://www.emboss.org/　
　　系統樹解析 PHYLIPhttps://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html　
　　系統樹解析 PAUP.https://paup.csit.fsu.edu/　
　　長大配列比較 PipMakerhttps://bio.cse.psu.edu/pipmaker　
　　長大配列比較 VISTAhttps://www-gsd.lbl.gov/vista/　
　　クラスタリング Xclusterhttps://genome-www.stanford.edu/~sherlock/cluster.html　
　　クラスタリング・ビューアTreeViewhttps://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm　
　　二次構造予測 PHDhttps://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html　
　　二次構造予測 PSIPREDhttps://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/　
　　シグナルペプチド予測 SignalPhttps://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/　
　　リン酸化部位予測 NetPhoshttps://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/　
　　糖鎖結合部位予測 NetOglychttps://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/　
　　モチーフデータベース PROSITEhttps://us.expasy.org/prosite/　
　　モチーフデータベース BLOCKShttps://blocks.fhcrc.org/　
　　タンパク質ファミリーのプロファイル Pfamhttps://www.sanger.ac.uk/Pfam/　
　　HMMのプロファイル検索 HMMERhttps://hmmer.wustl.edu/　
　　質量分析 Mascothttps://www.matrixscience.com/　
　　質量分析 Knexus(Profound, Sonar MS/MS)https://www.genomicsolutions.com/　
　　質量分析 SEQUESThttps://fields.scripps.edu/sequest/　
　　ホモロジーモデリング MODELLERhttps://salilab.org/modeller/modeller.html　
　　ホモロジーモデリング SWISS-MODELhttps://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html　
　　スレッディング GenTHREADERhttps://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.html　
　　フォールド認識法(プロファイル利用) FFAShttps://bioinformatics.ljcrf.edu/FFAS/　
　　フォールド認識法(プロファイル利用) FUGUEhttps://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/~fugue/　
　　分子動力学計算 CHARMmhttps://www.scripps.edu/brooks/charmm_docs/charmm.html　
　　分子動力学計算 NAMDhttps://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/　
　　タンパク質立体構造予測ベンチマークLiveBench https://bioinfo.pl/LiveBench/　
　　タンパク質立体構造予測コンテンスト CASPhttps://predictioncenter.llnl.gov/casp5/　
　　リガンドドッキング AutoDockhttps://www.scripps.edu/pub/olson-web/doc/autodock/　
　　酵素反応シミュレーター BEST-KIThttps://helios.brs.kyushu-u.ac.jp/~bestkit/　
　　細胞シミュレーター E-CELLhttps://www.e-cell.org/　
　　細胞シミュレーター Genomic Object Nethttps://www.genomicobject.net/member3/index.html　
　　細胞シミュレーター Virtual Cellhttps://www.nrcam.uchc.edu/vcellR3/login/login.jsp　
2節DNAマイクロアレイ868
　　遺伝子発現データベースREADhttps://READ.gsc.riken.jp/　
　　マウスcDNA機能アノテーションデータベースFANTOM-DBhttps://fantom.gsc.riken.jp/db/　
　　Gene Ontology projecthttps://www.geneontology.org/　
　　Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes　KEGGhttps://www.genome.ad.jp/kegg/　
　　フリーの統計解析ソフトRhttps://www.r-project.org/　
　　遺伝子セット比較ツールResourcererhttps://pga.tigr.org/tigr-scripts/magic/r1.pl　
　　Public Library of Sciencehttps://www.plos.org/　
3節遺伝子アノテーション　
1大型ゲノム　876
　　RepeatMaskerhttps://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker　
　　MaskerAidhttps://sapiens.wustl.edu/maskeraid/　
　　BLASThttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/　
　　　https://www.ddbj.nig.ac.jp/E-mail/homology-j.html　
　　　https://blast.genome.ad.jp/　
　　sim4https://pbil.univ-lyon1.fr/sim4.php　
　　spideyhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/spidey/　
　　Wise2https://www.ebi.ac.uk/Wise2/　
　　GENSCANhttps://genes.mit.edu/GENSCAN.html　
　　FGENESHhttps://genomic.sanger.ac.uk/gf/gf.shtml　
　　HMMgenehttps://www.cbs.dtu.dk/services/HMMgene/　
　　DIGIThttps://digit.gsc.riken.go.jp　
　　TWINSCANhttps://genes.cs.wustl.edu/　
　　Doublescanhttps://www.sanger.ac.uk/Software/analysis/doublescan/　
　　tRNAscan-SEhttps://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/　
　　ＣｏｒｅＰｒｏｍｏｔｅｒhttps://rulai.cshl.edu/　
　　UTRScanhttps://bighost.area.ba.cnr.it/BIG/UTRScan/　
　　MAR-Finderhttps://www.futuresoft.org/MAR-Wiz/　
　　Pfamhttps://pfam.wustl.edu/　
　　PROSITEhttps://www.expasy.org/prosite/　
　　InterProhttps://www.ebi.ac.uk/interpro　
　　InterProScanhttps://www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html　
　　PSORThttps://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/　
　　SOSUIhttps://sosui.proteome.bio.tuat.ac.jp/sosuiframe0.html　
　　CpGislandshttps://www2.ebi.ac.uk/cpg/　
　　WEBGENEhttps://www.itba.mi.cnr.it/webgene/　
　　HALhttps://hal.hgc.jp　
2微生物ゲノムのアノテーション解析ツール889
　　比較ゲノムデータベース　XanaGenomehttps://www.xanagen.com　
　　DNAフラグメントアセンブラー　Arachnehttps://www-genome.wi.mit.edu/wga/　
　　モティーフデータベースPROSITEhttps://kr.expasy.org/prosite/　
　　Profilehttps://www.sdsc.edu/projects/profile/profile.html　
　　PFAMhttps://pfam.wustl.edu/　
　　DNAデータベース　Genbankhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html　
　　タンパク質データベース　Swiss-Prothttps://kr.expasy.org/sprot/　
　　融合タンパク質データベース　fusionhttps://fusion.bu.edu/　
　　オーソログデータベース　COGhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/　
　　MBGDhttps://mbgd.genome.ad.jp　
4節自己組織化マップ(SOM)：比較ゲノムと生物多様性研究への新規な情報学的手法896
　　国立遺伝学研究所進化遺伝部門HP : 論文リストならびに解析手法の説明https://spinner.lab.nig.ac.jp/lab_evol/home-j.html　
　　コドン組成データベースhttps://www.kazusa.or.jp/codon/index.html　
　　tDNA 検索ツール　ならびにコドン使用量に基づくたんぱく質生産量の推定ツールhttps://ei4web.yz.yamagata-u.ac.jp/~kinouchi/　
　　株式会社ザナジェン : 解析手法の解説ならびに微生物データベースhttps://www.xanagen.com/　
5節比較ゲノム（進化）　
1微生物のゲノム進化解析903
　　Genome Information Broker 完全長ゲノム情報https://gib.genes.nig.ac.jp/　
　　GOLD ゲノム計画進行状況https://wit.integratedgenomics.com/GOLD/　
　　BLAST BLASTのWWWサイトhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/　
　　FASTA FASTAのWWWサイトhttps://www.people.virginia.edu/~wrp/　
　　MEGA2 分子進化解析ソフトウェアMEGA2の入手先https://www.megasoftware.net/　
　　LINTREE 分子系統樹作成プログラムLINTREEの入手先https://www.bio.psu.edu/People/Faculty/Nei/Lab/software.htm　
2ほ乳動物909
　　UCSC Genome Browserhttps://genome.ucsc.edu/　
　　Ensembl Genome Browserhttps://www.ensembl.org/　
　　VISTA Genome Browserhttps://pipeline.lbl.gov/　
　　チンパンジー　国際チンパンジー22番染色体コンソーシアムhttps://hgp.gsc.riken.go.jp/data_tools/chimp.html　
　　ドッグ　Whitehead Institute/MIThttps://www-genome.wi.mit.edu/media/2003/pr_03_tasha.html　
　　ラット　ラットゲノムシークエンシングコンソーシアムhttps://www.hgsc.bcm.tmc.edu/projects/rat/　
　　マウス　マウスゲノムシークエンシングコンソーシアムhttps://www.sanger.ac.uk/Projects/M_musculus/　
　　チキン Washington Universityhttps://www.genome.wustl.edu/projects/chicken/index.php　
　　フグ　国際フグゲノムコンソーシアムhttps://www.fugu-sg.org/　
　　ゼブラフィッシュ　Sanger Institutehttps://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio　

第3章　シミュレーションおよび知識発見　[第１章|第２章|第３章]
No.節題サイト名URLページ
1節電子カルテからゲノムカルテへ919
　　国立国際医療センターhttps://www.imcj.go.jp/imcjhome.htm　
　　NTT東日本関東病院https://www.ntt-east.co.jp/kmc/bumon/j_khis.html　
　　福岡市医師会-九州大学病院プロジェクトhttps://www.med.kyushu-u.ac.jp/hosp/　
　　福岡市医師会-九州大学病院プロジェクトhttps://www.iijnet.or.jp/fma/　
　　先進的IT技術を活用した地域医療ネットワーク開発事業https://www.hibino.com/kokusainaika/　
　　オーダーメイド医療https://www.biobankjp.org　
　　SNPsデータベースの標準案PMLhttps://www.jbic.or.jp/bio info/2002/021216/021216_kijikeisai.pdf　
　　OMG Life Sciences Research Working Groupshttps://www.omg.org/lsr/　
　　神戸市臨床研究情報センターhttps://www.tri-kobe.org/　
2節E-cellによる細胞シミュレーションの実際：ミトコンドリアの代謝系929
　　BRENDA,the enzyme databasehttps://www.brenda.uni-koeln.de　
　　KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) https://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html　
　　ExPASy (Expert Protein Analysis System) https://www.expasy.org　
3節Genomic Object Net によるパスウェイの表現とシミュレーション937
　　GenomicObjectNet GON ver.1.0,BPEhttps://www.GenomicObject.Net/　
　　BPEhttps://bpe.genomicobject.net/　
　　Gene Networks Inc Cell illustratorhttps://www.gene-networks.com/ci/index.html　

[ 書籍概要へ戻る/ Web-site集/ 第１編|第２編|第３編|第４編 ]