ゲノミクス・プロテオミクスの新展開　関連Web-site集-第３編
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第3編　バイオインフォマティクス
第１章　データベース　[第１章|第２章|第３章]
No.節題サイト名URLコメントページ
1節ゲノムのデータベース　
1ゲノムデータベース概論792
　　GenBankhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenbankDNA配列，NCBI　
　　EMBLhttp://www.ebi.ac.uk/DNA配列，EBI　
　　DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/DNA配列，遺伝研　
　　Genome resourceshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genomes/NCBIのゲノムデータベース　
　　UCSC　genome browserhttp://genome.ucsc.edu/UCSC提供のゲノムデータベース　
　　Ensemblhttp://www.ensembl.org/Sanger Institute提供　
　　RefSeqhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeqチェックを受けた代表配列　
　　LocusLinkhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/さまざまなデータへのハブになる情報　
　　OMIMhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?=OMIMヒトに関する遺伝子，疾患　
　　UniGenehttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGeneest配列をクラスタリング　
　　Swiss-Prot/TrEMBLhttp://www.ebi.ac.uk/swissprot/ペプチド配列と機能情報　
　　PDBhttp://www.rcsb.org/pdb/タンパク質の立体構造　
　　UniProthttp://www.pir.uniprot.org/タンパク質の統合データベース　
　　GOhttp://www.geneontology.org/gene ontologyの階層構造　
　　InterProhttp://www.ebi.ac.uk/interpro/mitif, domainの統合データベース　
　　TMHMMhttp://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/膜貫通部位予測　
　　SignalPhttp://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/シグナルペプチド予測　
　　TargetPhttp://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/細胞内局在予測　
　　PSORThttp://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/細胞内局在予測　
　　RegulonDBhttp://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/regulondb/大腸菌の転写関連　
　　DBTBShttp://dbtbs.hgc.jp/枯草菌の転写関連　
　　EPDhttp://www.epd.isb-sib.ch/真核生物のpromoter　
　　DBTSShttp://dbtss.hgc.jp/真核生物の転写開始点　
　　TRANSFAChttp://www.gene-regulation.com/転写因子とcis-elementのデータベース　

No.節題サイト名URLページ
2塩基配列データベースとＤＤＢＪ799
　　DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/　
　　getentryhttp://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getstart-e.html　
　　SRShttp://srs.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html　
　　TXsearchhttp://sakura.ddbj.nig.ac.jp/uniTax.html　
　　GIBhttp://gib.genes.nig.ac.jp/　
　　GTOPhttp://spock.genes.nig.ac.jp/%7Egenome/gtop.html　
　　Web serviceshttp://www.xml.nig.ac.jp/　
　　MGEDhttp://www.mged.org/　
2節タンパク質立体構造のデータベース：PDBデータベース807
　　PDBj　PDBデータベースhttp://www.pdbj.org/　
　　Research Collaboration for Structural Bioinformatics (RCSB)http://www.rcsb.org/pdb/　
　　MSD (Macromolecular Structure Database)http://msd.ebi.ac.uk/　
　　BioMagResBank (BMRB)http://www.bmrb.wisc.edu/　
　　wwPDB　world wide PDBhttp://www.wwpdb.org/　
　　試験的なPDBデータのXMLデータベース（XML-DB_PDBj）http://pdbjs4.pdbj.org:8080/　
　　Normal Mode Analysis: NMA)のデータベースProModehttp://cube.socs.waseda.ac.jp/　
　　ASH: 立体構造比較ツールhttp://timpani.genome.ad.jp/~ash/　
3節遺伝子発現データベース　813
　　発現データベース　ArrayExpresshttp://www.ebi.ac.uk/arrayexpress　
　　発現データベース　BodyMaphttp://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/　
　　発現データベース　GXDhttp://www.informatics.jax.org/menus/expression_menu.shtml　
　　発現データベース　Fly Viewhttp://pbio07.uni-muenster.de/　
　　発現データベース　HugeIndexhttp://hugeindex.org　
　　発現データベース　Stanford Microarray Databasehttp://genome-www.stanford.edu/microarray　
　　遺伝子・ゲノムデータベース　KEGGhttp://www.genome.ad.jp/kegg/　
　　Mouse Atlas and Gene Expression Databasehttp://genex.hgu.mrc.ac.uk/　
　　遺伝子発現データリポジトリーGEOhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/　
　　マイクロアレイ発現データベース　MGEDhttp://www.mged.org/　
　　MGEDワーキンググループhttp://www.mged.org/Workgroups/index.html　
4節疾患データベース827
　　OMIM（On-line MIM）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/　
　　HGMD（Human Gene Mutation Database）http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html　
　　CGAP（Cancer Genome Anatomy Project）http://cgap.nci.nih.gov/　
　　MutationViewhttp://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/　
　　GeneDis（Human Genetic Disease Database）http://bioinfo.tau.ac.il/GeneDis/　
　　GeneCardshttp://nciarray.nci.nih.gov/cards/　
　　TSC（The SNP Consortium）http://snp.cshl.org/　
　　dbSNPhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/　
　　JSNPデータベースhttp://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/　
　　HGVbase（Human Genome Variation database）http://hgvbase.cgb.ki.se/　
5節マイクロアレイ遺伝子発現データベース836
　　ゲノム、DNAデータベースhttp://www.ddbj.nig.ac.jp　
　　　http://www.ncbi.nlm.nih.gov　
　　　http://www.ebi.ac.uk　
　　　http://www.sanger.ac.uk/　
　　　http://www.tigr.org/　
　　　http://www.genome.washington.edu/uwgc/　
　　　http://gib.genes.nig.ac.jp/　
　　タンパク質データベースhttp://kr.expasy.org/sprot/sprot-top.html　
　　　http://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pdb/　
　　　http://www.ensemble.org　
　　検索・解析ツールhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/　
　　　http://srs.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html　
　　　http://www.ddbj.nig.ac.jp/E-mail/clustalw-e.html　
　　　http://spock.genes.nig.ac.jp/%7Egenome/gtop.html　
6節代謝データベース839
　　Boehringer Mannheim:Biochemical pathwayhttp://www.expasy.ch/cgi-bin/search-biochem-index　
　　Metabolic Pathwayhttp://www.expasy.ch/cgi-bin/show_thumbnails.pl　
　　KEGG/PATHWAYhttp://www.genome.ad.jp/kegg/pathway.html　
　　WIT2http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/　
　　EMPhttp://www.empproject.com/　
　　BioCyc　SRIインターナショナル（米）http://biocyc.org/　
　　MetaCyc　SRIインターナショナル（米）http://metacyc.org/　
　　Path DB NCGR国立ゲノムリソースセンター（米）http://www.ncgr.org/pathdb/　
　　ARM　ARM Project （産総研CBRC）http://www.metabolome.jp/　
　　biocarta-Pathwayshttp://www.biocarta.com/genes/index.asp　
　　EcoCyc　SRIインターナショナルhttp://ecocyc.org/840
　　Soy Base　米農務省・アイオワ州立大学http://129.186.26.94/　
　　Malaria Parasite Metabolic Pathways　エルサレム・ヘブライ大学http://sites.huji.ac.il/malaria/　
　　UM-BBD(The University of Minnesota Biocatalysis/Biodegradation Database)　ミネソタ大学http://umbbd.ahc.umn.edu/　
　　Metalgen　ヴェルサイユ大学ftp://ftp.pasteur.fr/pub/GenomeDB/Metalgen/　
　　Enzym Nomenclature　国際生化学・分子生物学連合（IUBMB）命名委員会http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/841
　　ENZYMEhttp://www.expasy.ch/enzyme/　
　　LIGANDhttp://www.genome.ad.jp/ligand/　
　　Brendahttp://www.brenda.uni-koeln.de/　
　　Klothoワシントン大学http://www.biocheminfo.org/klotho/　
　　KEGG　トップhttp://www.genome.ad.jp/kegg/843
　　KEGG　インデックスhttp://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html　

第2章　解析ツール　[第１章|第２章|第３章]
No.節題サイト名URLページ
1節バイオインフォマティクス概論861
　　配列類似性検索 FASTAhttp://fasta.bioch.virginia.edu/fasta/fasta_list.html　
　　配列類似性検索 BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/　
　　マルチプルアラインメント　ClustalWftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/　
　　ベースコール・アセンブル phred/phrap/consedhttp://www.codoncode.com/　
　　アセンブル TIGR Assemblerhttp://www.tigr.org/software/　
　　アセンブル Arachnehttp://www.broad.mit.edu/wga/　
　　ゲノムマッピング sim4http://globin.cse.psu.edu/ftp/dist/sim4/　
　　ゲノムマッピング BLAThttp://www.soe.ucsc.edu/~kent/exe/　
　　ゲノムマッピング Wise2http://www.ebi.ac.uk/Wise2/　
　　ゲノムマッピング SSAHAhttp://www.sanger.ac.uk/Software/analysis/SSAHA/　
　　微生物遺伝子領域予測 GeneMark, GeneMark.hmmhttp://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/　
　　真核生物遺伝子領域予測 Genscanhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html　
　　真核生物の転写因子・転写制御配列データベース　TRANSFAC http://www.gene-regulation.com/　
　　プロモーター領域予測 PromoterInspectorhttp://www.genomatix.de/software_services/software/
PromoterInspector/PromoterInspector_stb.html		　
　　プロモーター領域予測 Dragon Promoter Finderhttp://sdmc.krdl.org.sg/promoter/promoter1_3/DPFV13.htm　
　　共通モチーフ抽出 MACAWftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/macaw　
　　共通モチーフ抽出 MEMEhttp://meme.sdsc.edu/meme/website/　
　　配列解析パッケージ GCG Wisconsin Package http://www.accelrys.com/　
　　配列解析パッケージ EMBOSShttp://www.emboss.org/　
　　系統樹解析 PHYLIPhttp://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html　
　　系統樹解析 PAUP.http://paup.csit.fsu.edu/　
　　長大配列比較 PipMakerhttp://bio.cse.psu.edu/pipmaker　
　　長大配列比較 VISTAhttp://www-gsd.lbl.gov/vista/　
　　クラスタリング Xclusterhttp://genome-www.stanford.edu/~sherlock/cluster.html　
　　クラスタリング・ビューアTreeViewhttp://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm　
　　二次構造予測 PHDhttp://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html　
　　二次構造予測 PSIPREDhttp://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/　
　　シグナルペプチド予測 SignalPhttp://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/　
　　リン酸化部位予測 NetPhoshttp://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/　
　　糖鎖結合部位予測 NetOglychttp://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/　
　　モチーフデータベース PROSITEhttp://us.expasy.org/prosite/　
　　モチーフデータベース BLOCKShttp://blocks.fhcrc.org/　
　　タンパク質ファミリーのプロファイル Pfamhttp://www.sanger.ac.uk/Pfam/　
　　HMMのプロファイル検索 HMMERhttp://hmmer.wustl.edu/　
　　質量分析 Mascothttp://www.matrixscience.com/　
　　質量分析 Knexus(Profound, Sonar MS/MS)http://www.genomicsolutions.com/　
　　質量分析 SEQUESThttp://fields.scripps.edu/sequest/　
　　ホモロジーモデリング MODELLERhttp://salilab.org/modeller/modeller.html　
　　ホモロジーモデリング SWISS-MODELhttp://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html　
　　スレッディング GenTHREADERhttp://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.html　
　　フォールド認識法(プロファイル利用) FFAShttp://bioinformatics.ljcrf.edu/FFAS/　
　　フォールド認識法(プロファイル利用) FUGUEhttp://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/~fugue/　
　　分子動力学計算 CHARMmhttp://www.scripps.edu/brooks/charmm_docs/charmm.html　
　　分子動力学計算 NAMDhttp://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/　
　　タンパク質立体構造予測ベンチマークLiveBench http://bioinfo.pl/LiveBench/　
　　タンパク質立体構造予測コンテンスト CASPhttp://predictioncenter.llnl.gov/casp5/　
　　リガンドドッキング AutoDockhttp://www.scripps.edu/pub/olson-web/doc/autodock/　
　　酵素反応シミュレーター BEST-KIThttp://helios.brs.kyushu-u.ac.jp/~bestkit/　
　　細胞シミュレーター E-CELLhttp://www.e-cell.org/　
　　細胞シミュレーター Genomic Object Nethttp://www.genomicobject.net/member3/index.html　
　　細胞シミュレーター Virtual Cellhttp://www.nrcam.uchc.edu/vcellR3/login/login.jsp　
2節DNAマイクロアレイ868
　　遺伝子発現データベースREADhttp://READ.gsc.riken.jp/　
　　マウスcDNA機能アノテーションデータベースFANTOM-DBhttp://fantom.gsc.riken.jp/db/　
　　Gene Ontology projecthttp://www.geneontology.org/　
　　Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes　KEGGhttp://www.genome.ad.jp/kegg/　
　　フリーの統計解析ソフトRhttp://www.r-project.org/　
　　遺伝子セット比較ツールResourcererhttp://pga.tigr.org/tigr-scripts/magic/r1.pl　
　　Public Library of Sciencehttp://www.plos.org/　
3節遺伝子アノテーション　
1大型ゲノム　876
　　RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker　
　　MaskerAidhttp://sapiens.wustl.edu/maskeraid/　
　　BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/　
　　　http://www.ddbj.nig.ac.jp/E-mail/homology-j.html　
　　　http://blast.genome.ad.jp/　
　　sim4http://pbil.univ-lyon1.fr/sim4.php　
　　spideyhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/spidey/　
　　Wise2http://www.ebi.ac.uk/Wise2/　
　　GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html　
　　FGENESHhttp://genomic.sanger.ac.uk/gf/gf.shtml　
　　HMMgenehttp://www.cbs.dtu.dk/services/HMMgene/　
　　DIGIThttp://digit.gsc.riken.go.jp　
　　TWINSCANhttp://genes.cs.wustl.edu/　
　　Doublescanhttp://www.sanger.ac.uk/Software/analysis/doublescan/　
　　tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/　
　　ＣｏｒｅＰｒｏｍｏｔｅｒhttp://rulai.cshl.edu/　
　　UTRScanhttp://bighost.area.ba.cnr.it/BIG/UTRScan/　
　　MAR-Finderhttp://www.futuresoft.org/MAR-Wiz/　
　　Pfamhttp://pfam.wustl.edu/　
　　PROSITEhttp://www.expasy.org/prosite/　
　　InterProhttp://www.ebi.ac.uk/interpro　
　　InterProScanhttp://www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html　
　　PSORThttp://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/　
　　SOSUIhttp://sosui.proteome.bio.tuat.ac.jp/sosuiframe0.html　
　　CpGislandshttp://www2.ebi.ac.uk/cpg/　
　　WEBGENEhttp://www.itba.mi.cnr.it/webgene/　
　　HALhttp://hal.hgc.jp　
2微生物ゲノムのアノテーション解析ツール889
　　比較ゲノムデータベース　XanaGenomehttp://www.xanagen.com　
　　DNAフラグメントアセンブラー　Arachnehttp://www-genome.wi.mit.edu/wga/　
　　モティーフデータベースPROSITEhttp://kr.expasy.org/prosite/　
　　Profilehttp://www.sdsc.edu/projects/profile/profile.html　
　　PFAMhttp://pfam.wustl.edu/　
　　DNAデータベース　Genbankhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html　
　　タンパク質データベース　Swiss-Prothttp://kr.expasy.org/sprot/　
　　融合タンパク質データベース　fusionhttp://fusion.bu.edu/　
　　オーソログデータベース　COGhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/　
　　MBGDhttp://mbgd.genome.ad.jp　
4節自己組織化マップ(SOM)：比較ゲノムと生物多様性研究への新規な情報学的手法896
　　国立遺伝学研究所進化遺伝部門HP : 論文リストならびに解析手法の説明http://spinner.lab.nig.ac.jp/lab_evol/home-j.html　
　　コドン組成データベースhttp://www.kazusa.or.jp/codon/index.html　
　　tDNA 検索ツール　ならびにコドン使用量に基づくたんぱく質生産量の推定ツールhttp://ei4web.yz.yamagata-u.ac.jp/~kinouchi/　
　　株式会社ザナジェン : 解析手法の解説ならびに微生物データベースhttp://www.xanagen.com/　
5節比較ゲノム（進化）　
1微生物のゲノム進化解析903
　　Genome Information Broker 完全長ゲノム情報http://gib.genes.nig.ac.jp/　
　　GOLD ゲノム計画進行状況http://wit.integratedgenomics.com/GOLD/　
　　BLAST BLASTのWWWサイトhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/　
　　FASTA FASTAのWWWサイトhttp://www.people.virginia.edu/~wrp/　
　　MEGA2 分子進化解析ソフトウェアMEGA2の入手先http://www.megasoftware.net/　
　　LINTREE 分子系統樹作成プログラムLINTREEの入手先http://www.bio.psu.edu/People/Faculty/Nei/Lab/software.htm　
2ほ乳動物909
　　UCSC Genome Browserhttp://genome.ucsc.edu/　
　　Ensembl Genome Browserhttp://www.ensembl.org/　
　　VISTA Genome Browserhttp://pipeline.lbl.gov/　
　　チンパンジー　国際チンパンジー22番染色体コンソーシアムhttp://hgp.gsc.riken.go.jp/data_tools/chimp.html　
　　ドッグ　Whitehead Institute/MIThttp://www-genome.wi.mit.edu/media/2003/pr_03_tasha.html　
　　ラット　ラットゲノムシークエンシングコンソーシアムhttp://www.hgsc.bcm.tmc.edu/projects/rat/　
　　マウス　マウスゲノムシークエンシングコンソーシアムhttp://www.sanger.ac.uk/Projects/M_musculus/　
　　チキン Washington Universityhttp://www.genome.wustl.edu/projects/chicken/index.php　
　　フグ　国際フグゲノムコンソーシアムhttp://www.fugu-sg.org/　
　　ゼブラフィッシュ　Sanger Institutehttp://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio　

第3章　シミュレーションおよび知識発見　[第１章|第２章|第３章]
No.節題サイト名URLページ
1節電子カルテからゲノムカルテへ919
　　国立国際医療センターhttp://www.imcj.go.jp/imcjhome.htm　
　　NTT東日本関東病院http://www.ntt-east.co.jp/kmc/bumon/j_khis.html　
　　福岡市医師会-九州大学病院プロジェクトhttp://www.med.kyushu-u.ac.jp/hosp/　
　　福岡市医師会-九州大学病院プロジェクトhttp://www.iijnet.or.jp/fma/　
　　先進的IT技術を活用した地域医療ネットワーク開発事業http://www.hibino.com/kokusainaika/　
　　オーダーメイド医療http://www.biobankjp.org　
　　SNPsデータベースの標準案PMLhttp://www.jbic.or.jp/bio info/2002/021216/021216_kijikeisai.pdf　
　　OMG Life Sciences Research Working Groupshttp://www.omg.org/lsr/　
　　神戸市臨床研究情報センターhttp://www.tri-kobe.org/　
2節E-cellによる細胞シミュレーションの実際：ミトコンドリアの代謝系929
　　BRENDA,the enzyme databasehttp://www.brenda.uni-koeln.de　
　　KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html　
　　ExPASy (Expert Protein Analysis System) http://www.expasy.org　
3節Genomic Object Net によるパスウェイの表現とシミュレーション937
　　GenomicObjectNet GON ver.1.0,BPEhttp://www.GenomicObject.Net/　
　　BPEhttp://bpe.genomicobject.net/　
　　Gene Networks Inc Cell illustratorhttp://www.gene-networks.com/ci/index.html　

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